Alija Izetbegović trong chuyến đi thăm Hoa Kỳ vào năm 1997.

Quân đội Nhân dân Nam Tư (JNA) đã chính thức rời khỏi Bosna và Hercegovina vào ngày 12 tháng 5 năm 1992 một thời gian ngắn sau khi nền độc lập của nước này được tuyên bố vào tháng 4 năm 1992. Tuy nhiên, phần lớn các hệ thống chỉ huy, vũ khí và các nhân viên quân sự cao cấp bao gồm tướng Ratko Mladić, vẫn ở lại Bosna và Hercegovina trong Quân đội Republika Srpska. Người Croat tự tổ chức lực lượng quân sự phòng vệ cho riêng họ được gọi là Hội đồng Phòng vệ Croatia (Hrvatsko Vijeće Obrane, HVO) với tư các là lực lượng vũ trang của thực thể tự phong Herzeg-Bosnia. Còn người Bosniak được tập trung trong tổ chức Quân đội Cộng hoà Bosna và Hercegovina (Armija Republike Bosne i Hercegovine, Armija RBiH). Ban đầu, quân đội này có một số lượng người không thuộc chủng tộc Bosniak (khoảng 25 phần trăm), đặc biệt là thuộc Quân đoàn số 1 đóng ở Sarajevo. Sefer Halilović, Tham mưu trưởng lực lượng Phòng vệ Lãnh thổ Bosnia, đã khẳng định vào tháng 6 năm 1992 rằng lực lượng của ông bao gồm 70 phần trăm là người Hồi giáo, 18 phần trăm là người Croat và 12 phần trăm là người Serb.[27] Tỉ lệ binh lính người Serb và Croat trong quân đội Bosnia đặc biệt cao tại các thành phố như Sarajevo, Mostar và Tuzla.[28] Phó chỉ huy tại Bộ chỉ huy Quân đội Bosnia là tướng Jovan Divjak, viên chức người Serb cao cấp nhất Quân đội Bosnia. Tướng Stjepan Šiber, một người Croat là phó chỉ huy thứ hai. Tổng thống Izetbegović cũng chỉ định Đại tá Blaž Kraljević, chỉ huy Lực lượng Phòng vệ Croatia ở Herzegovina, trở thành một thành viên bênt trong Bộ chỉ huy Quân đội Bosnia, bảy ngày trước Kraljević bị ám sát, những việc làm này nhằm làm dung hoà sự đa sắc tộc trong lượng lượng quân sự của Bosnia.[29] Tuy nhiên sự đa dạng chủng tộc trong quân đội đã giảm dần theo diễn tiến của cuộc chiến.[27][30]

Các đơn vị bán quân sự khác nhau đã tham gia vào chiến tranh Bosnia: người Serb có "Những con Đại bàng Trắng" (Beli Orlovi), "Những con Hổ" của Arkan, "Vệ binh Tình nguyện Serbia" (Srpska Dobrovoljačka Garda), Bosnia có "Liên minh Ái quốc" (Patriotska Liga) và "Beret Lục" (Zelene Beretke), và "Lực lượng Phòng vệ Croatia" (Hrvatske Obrambene Snage) của người Croatia, vân vân. Các lực lượng bán quân sự người Serb và Croat còn bao gồm cả những người tình nguyện đến từ Serbia và Croatia, và được sự hỗ trợ của các đảng chính trị quốc gia chủ nghĩa ở nước họ. Cái cớ họ đưa ra cho sự can thiệp này là có sự hiện diện của cảnh sát mật Serbia và Croatia trong cuộc xung đột. Các lực lượng Cộng hoà Bosna và Hercegovina được chia thành 5 quân đoàn. Quân đoàn 1 hoạt động ở khu vực Sarajevo và Gorazde trong khi Quân đoàn 5 mạng hơn đóng ở tây Bosanska Krajina, hợp tác với các đơn vị HVO trong và xung quanh Bihać.

Người Serb nhận được sự trợ giúp từ những chiến binh Slavic Cơ Đốc đến từ các nước khác bao gồm Nga.[31][32] Các quân tình nguyên Hi Lạp thuộc Vệ binh Tình nguyện Hi Lạp được ghi nhận là đã tham gia vào Thảm sát Srebrenica, với lá cờ Hi Lạp được kéo lên ở Srebrenica khi thị trấn rơi vào tay người Serb.[33]

Một số chiến binh cực đoan phương Tây cũng như một số đông các cá nhân từ các khu vực văn hoá theo đạo Cơ Đốc phương Tây đã chiến đấu như những người tình nguyện cho người Croat bao gồm những kẻ Tân Phát xít đến từ Đức và Áo. Điển hình là tên Tân Phát xít người Thuỵ Điển Jackie Arklöv đã bị cáo buộc tội ác chiến tranh khi trở về Thuỵ Điển. Sau này hắn đã thừa nhận phạm tội các chiến tranh đối với dân thườong Hồi giáo Bosnia ở các trại của Croatia Heliodrom và Dretelj trong vai trò một thành viên của lực lượng Croatia.[34]

Trại Manjača, 1992

Người Bosnia nhận được sự ủng hộ từ các nhóm Hồi giáo. Theo một số báo cáo phi chính phủ từ Hoa Kỳ, đã có vài trăm Vệ binh Cách mạng Hồi giáo Iran trợ giúp chính phủ Bosnia trong chiến tranh.[35]

Vào thời điểm nổ ra chiến tranh Bosnia, lực lượng người Serb đã tấn công thường dân Hồi giáo Bosnia ở Đông Bosnia. Một khi các thị trấn và làng mạc nằm trong tay các lực lượng Serb bao gồm quân sự, cảnh sát và bán quân sự và thỉnh thoảng có cả các dân làng Serb – họ sẽ áp dụng một biện pháp rập khuôn như sau: nhà cửa và các căn hộ bị cướp phá và thiêu rụi một các có hệ thống, thường dân bị bố ráp hay bắt giữ và thỉnh thoảng bị đánh hay giết trong tiến trình. Đàn ông và phụ nữ được tách riêng, với nhiều người đàn ông trong số đó bị giết hoặc giam giữ trong các trại tập trung. Phụ nữ bị giam trong các trung tâm khác nhau nơi họ phải sống trong các điều kiện vệ sinh không thể chịu đựng được, họ còn bị phân biệt đối xử và bị cưỡng hiếp nhiều lần. Các binh lính và cảnh sát người Serb sẽ đến những trung tâm giam giữ này, chọn một hay nhiều phụ nữ đem họ về và cưỡng hiếp.[36][37] Người Serb chiếm được ưu thế hơn vì họ được trang bị vũ khí tốt hơn (mặc dù ít người hơn) cung cấp bởi Quân đội Nhân dân Nam Tư và họ đã thiếp lập quyền kiểm soát trên hầu hết khác khu vực nơi người Serb chiếm số đông nhưng cũng ở cả các khu vực họ chiếm thiểu số ở nông thôn và thành thị ngoại trừ các thị trấn lớn như Sarajevo và Mostar. Các lãnh đạo quân sự và chính trị Serb, đã bị cáo buộc phạm tội ác chiến tranh được khẳng định bởi các phiên toà của ICTY.

Phần lớn thủ đô Sarajevo được kiểm soát chủ yếu bởi người Bosniak, mặc dù trên chính thức chính phủ Cộng hoà Bosna và Hercegovina tiếp tục thực hiện bổn phận phân chia quyền lực theo sắc tộc. Trong thời gian 44 tháng bị bao vây, các hành động khủng bố chống lại các cư dân Sarajevo tuy khác nhau về mức độ, nhưng mục đích vẫn giống nhau: trừng phạt thường dân để buộc chính quyền Bosnia chấp nhận yêu cầu người Serb.[38] Quân đội Republika Srpska xung quanh thành phố (ngoài ra lực lượng Serb đóng quanh Sarajevo được gọi là Vòng vây Sarajevo), đã triển khai binh lính và pháo các ngọn đồi xung quanh và đã trở thành cuộc bao vây dài nhất trong lịch sử chiến tranh hiện đại vốn kéo dài 4 năm. Xem Bao vây Sarajevo.

Nhiều hiệp định đình chiến được ký kết, và đã bị vi phạm nhiều lần khi một trong các bên cảm thấy thuận lợi nghiêng về phía mình. Liên Hiệp quốc đã liên tục cố gắng dàn xếp kết thúc chiến tranh nhưng không thành công qua Kế hoạch hoà bình Vance-Owen vẫn không có kết quả.

1992

Vedran Smailovic đang chơi đàn trong một toà nhà bị phá huỷ thuộc Thư viện Quốc gia ở Sarajevo, 1992.

Thương vong đầu tiên ở Bosna và Hercegovina là một điểm bất hoà giữa người Bosniak, Croat và Serb. Người Bosniak và Croat cho rằng thương vong đầu tiên của chiến tranh sau khi tuyên bố độc lập là Suada Dilberović và Olga Sučić, hai người này bị bắn bởi một tay súng Serb không rõ danh tính trong một cuộc diễu hành hoà bình vào ngày 5 tháng 4 ở khách sạn Holiday Inn do Đảng Dân chủ Serbia kiểm soát[39][40][41] Còn người Serb coi Nikola Gardović, cha của một chú rể bị giết chết trong một đám cưới người Serb vào ngày thứ hai của cuộc trưng cầu dân ý, 1 tháng 3 năm 1992 ở thị trấn lâu đời Baščaršija của Sarajevo là nạn nhân đầu tiên của chiến tranh.[42]

Ngày 19 tháng 9 năm 1991, Quân đội Nhân dân Nam Tư (JNA) điều động thêm binh lính đến khu vực xung quanh thành phố Mostar, việc này đã bị chính quyền địa phương phản đối công khai. Ngày 13 tháng 10 năm 1991 tổng thống tương lai của Republika Srpska, Radovan Karadžić bày tỏ quan điểm của ông về tương lai của Bosnia và người Hồi giáo Bosnia: "Trong vài ngày, Sarajevo sẽ ra đi và sẽ có năm trăm ngàn người chết, trong một tháng người Hồi giáo sẽ bị xoá sổ ở Bosna và Hercegovina". [43]

Ngày 7 tháng 1 năm 1992, các thành viên người Serb của Hội đồng Thành phố Prijedor và các chủ tịch của các Uỷ ban Thị trấn thuộc Đảng Dân chủ Serbia tuyên bố thành lập Hội đồng Nhân dân Thành phố Prijedor Serbia và thi hành các chỉ dẫn bí mật được đưa ra trước đó vào ngày 19 tháng 12 năm 1991. Chỉ thị "Tổ chức và Hoạt động của Các bộ phận Nhân dân Serbia ở Bosna và Hercegovina trong các trường hợp đặc biệt" đưa ra một kế hoạch cho SDS nắm lấy các khu đôi thị ở BiH, nó cũng bao gồm các kế hoạch cho việc thành lập Ban Khủng hoảng.[45] Milomir Stakić, sau bị ICTY kết án tội ác chống lại loài người đối với dân thường Bosniak và Croat, vào thời điểm đó được bầu làm Chủ tịch Hội đồng. Mười ngày sau, 17 tháng 1 năm 1992, Hội đồng xác nhận sáp nhập lãnh thổ Serbia Thành phố Prijedor vào Vùng tự trị Bosnia Krajin nhằm tạo ra một nhà nước riêng biệt của người Serbia trong lãnh thổ sắc tộc Serbia.[46]

Ngày 9 tháng 1 năm 1992, Hội đồng Serb Bosnia thông qua bản tuyên bố thành lập Cộng hoà Bosna và Hercegovina của người Serbia ("SR BiH").[23] Ngày 28 tháng 2 năm 1992, Hiến pháp của SR BiH tuyên bố lãnh thổ của Cộng hoà bao gồm "lãnh thổ của Các tỉnh và Khu vực tự trị Serbia và các thực thể Serbia ở Bosna và Hercegovina, bao gồm cả những khu vực mà người Serbia chỉ chiếm thiểu số do diệt chủng trong Thế chiến II" và đã được tuyên bố là một phần của Nam Tư. Ngày 12 tháng 8 năm 1992, tên của SR BiH được đổi thành Republika Srpska ("RS").[45]

Trong các tháng 3, 4, 5 năm 1992 các cuộc tấn công dữ dội diễn ra ở đông Bosnia cũng như phần tây bắc của nước này. Trong tháng 3, các cuộc tấn công thực hiện bởi các lãnh đạo SDS, cùng với các sĩ quan chiến trường thuộc Bộ chỉ Huy Hai trong Quân đội Nhân dân Nam Tư cũ, diễn ra ở phần phía đông của nước này nhằm chiếm các vị trí chiến lược để thực hiện việc ngăn chặn thông tin liên lạc. Các cuộc tấn công đã dẫn đến thiệt hại lớn cho dân thường.[47]

Chiến dịch tiêu diệt sắc tộc năm 1992 ở Đông Bosnia

Ban đầu, lực lượng người Serb tấn công các cư dân không phải Serb ở Đông Bosnia. Sau đó họ thực hiện các hoạt động khủng bố và tàn sát các sắc tộc.[37]

Vùng Prijedor

Ngày 23 tháng 4 năm 1992, Đảng Dân chủ Serbia quyết định tất cả các đơn vị Serb ngay lập tức chiếm lấy tỉnh Prijedor trong một hành động phối hợp với JNA. Đến cuối tháng 4 năm 1992, một số lượng các trạm cảnh sát Serb bí mật được dựng nên trong tỉnh và hơn 1.500 người Serb được vũ trang sẵn sàng chiếm lấy tỉnh này.[46]

Lãnh thổ của Cộng hoà Bosna và Hercegovina và Cộng hoà Croatia dưới quyền kiểm soát của lực lượng Serbia. Toà án Tội ác Quốc tế ở Nam Tư cũ cáo buộc Slobodan Milošević đã "cố gắng thiết lập một Đại Serbia, là một nhà nước Serbia bao gồm cả những khu vực có đông người Serb sinh sống ở Croatia và Bosnia, và được thực thi bằng việc trục xuất những dân tộc không phải Serb ra khỏi các khu vực địa lý rộng lớn thông qua các tội ác.[48]

Một bản tuyên bố về việc chuyển giao quyền lực được chuẩn bị bởi các chính trị gia Serb từ SDS, đã được phát liên tục trên đài phát thanh Prijedor một ngày sau khi nơi này bị chiếm. Trong đêm 29/30 tháng 4 năm 1992, việc thôn tính diễn ra. Những người lao động tại trạm an ninh công cộng và các cảnh sát trừ bị được tập hợp tại Cirkin Polje, là một phần của thị trấn Prijedor. Chỉ những người Serb hiện diện và một số họ mặc trang phục quân sự. Những người được trao nhiệm vụ chiếm quyền kiểm soát thị trấn chia làm năm nhóm. Mỗi nhóm có khoảng 20 người và một lãnh đạo, họ được yêu cầu chiếm cứ các toà nhà quan trọng. Một nhóm phụ trách toà nhà Hội đồng, một nhóm cho toà nhà trụ sở cảnh sát chính, một nhóm cho toà án, một nhóm cho ngân hàng và nhóm cuối cho bưu điện.[46]

Chính quyền Serb đã thành lập các trại tập trung và quyết định người nào sẽ chịu trách nhiệm điều hành những nơi này.[46] Nhà máy Keraterm được trưng dụng và biến thành trại tập trung vào khoảng 23/24 tháng 5 năm 1992.[46] Phức hợp khai khoáng Omarska toạ lạc chác thị trấn Prijedor 20 km. Những tù nhân đầu tiên được đưa vô trại vào một thời điểm nào đó cuối tháng 5 năm 1992 (giữa 26 và 30 tháng 5). Theo tài liệu của chính quyền Serb từ Prijedor, đã có tổng cộng 3.334 người bị giam giữ trong trại từ ngày 27 tháng 5 đến 16 tháng 8 năm 1992. 3.197 trong số họ là người Bosniak (i.e. Hồi giáo Bosnia), 125 là người Croat.[46] Trại Trnoplje được lập tại làng Trnoplje ngày 24 tháng 5 năm 1992. Trại được canh gác ở tất cả các mặt bởi quân đội Serb. Các ụ súng máy và các vị trí được vũ trang đầy đủ hướng các khẩu súng về phía trại. Đã có vài ngàn người bị giam giữ trong trại, đại đa số là người Hồi giáo Bosnia và một số là người Croat.[46]

ICTY kết luận rằng việc chiếm quyền của các chính trị gia Serb là một hành động đảo chính bất hợp pháp, vốn được lên kế hoạch và phối hợp trong một thòi gian dài nhằm mục đích tối thượng là tạo ra một tỉnh thuần người Serbia. Những kế hoạc đã không bao giờ biến mất và được thực hiện một hành động phối hợp giữa cảnh sát, quân đội và các chính trị gia Serb. Một trong những nhân vật chủ chốt là Milomir Stakić, người đóng vai trò quan trọng trong đời sống chính trị của tỉnh này.[46]

Quân đội Nhân dân Nam Tư do Serbia kiểm soát đã có thể kiểm soát ít nhất 60 phần trăm nước này trước ngày các sĩ quan và binh lính không phải đến từ Bosnia rút lui chính thứ là 19 tháng 5.[49] Phần lớn ưu thế này có được là do sự thật rằng họ được vũ trang và tổ chức tốt hơn lực lượng của người Bosniak và Croat Bosnia. Các cuộc tấn công cũng bao gồm các khu vực có sự hoà lẫn giữa các sắc tộc. Doboj, Foča, Rogatica, Vlasenica, Bratunac, Zvornik, Prijedor, Sanski Most, Kljuc, Brčko, Derventa, Modrica, Bosanska Krupa, Bosanski Brod, Bosanski Novi, Glamoc, Bosanski Petrovac, Cajnice, Bijeljina, Višegrad, và nhiềm phần của Sarajevo đề là những khu vực người Serb thiết lập quyền kiểm soát và trục xuất người Bosniak và Croat. Cả ở những khu vực mà người Serb sống rải rác và đa số dân thuần nhất không phải chủng tộc Serb như Banja Luka, Bosanska Dubica, Bosanska Gradiska, Bileca, Gacko, Han Pijesak, Kalinovik, Nevesinje, Trebinje, Rudo cũng diễn ra việc trục xuất. Tương tự ở các khu vực trung tâm Bosna và Hercegovina (Sarajevo, Zenica, Maglaj, Zavidovici, Bugojno, Mostar, Konjic, vân vân.) chứng kiến làn sóng di cư của người Serb vào các khu vực do người Serb nắm giữ ở Bosna và Hercegovina.

Tháng 6, 1992, Lực lượng Bảo an của Liên hiệp quốc vốn được triển khai tại Croatia đã mở rộng vai trò tới Bosna và Hercegovina, nhằm mục đích ban đầu là bảo vệ sân bay Quốc tê Sarajevo. Tháng 9, vai trò của UNPROFOR được mở rộng cho sứ mạng trợ giúp nhân đạo và phân phát cứu trợ ở khắp Bosna và Hercegovina, cũng như giúp bảo vệ dân thường tị nạy khi được yêu cầu bởi Uỷ ban Chữ thập đỏ Quốc tế.

Hội đồng Phòng vệ Croat can thiệp vào trung tâm Bosnia

Bị thúc bách và kiềm nén bởi lực lượng Serb vũ trang hùng hậu ở Bosnia-Herzegovina và Croatia, lực lượng chính của người Croat - HVO (Hội đồng Phòng vệ Croatia) chuyển trọng trâm chính vào việc bảo vệ những khu vực của họ ở Bosnia khỏi lực lượng Serb đang cố gắng chiếm lấy những lãnh thổ còn lại trong tay Quân đội Bosnia. Điều này được cho là do việc ký kết hiệp định Karađorđevo (tháng 3 năm 1991) được thực hiện bởi các tổng thống Slobodan Milošević và Franjo Tuđman nhằm phân chia Bosnia giữa Croatia và Serbia.

Để thực hiện việc này, các lực lượng HVO sẽ vừa phải đàn áp những người bất đồng quan điểm trong Lực lượng Phòng vệ Croatia (HOS) và đánh bại Quân đội Bosnia, nhằm đạt được những lãnh thổ nằm trong tay chính phủ Bosnia mà họ muốn. HVO phối hợp cùng với quân đội Cộng hoà Croatia và nhận được sự ủng hộ vật chất từ người Serb, đã tấn công dân thường Bosniak ở Herzegovina và trung tâm Bosnia bắt đầu diệt trừ sắc tộc ở lãnh thổ của người Bosniak.

Phong trào Graz diễn ra vào tháng 5 năm 1992 đã khoét sâu hơn sự chia rẽ bên trong cộng đồng Croat và tăng cường sức mạnh của các nhóm ly khai, vốn xung khắc với người Bosniak. Lãnh đạo một trong những nhóm ủng hộ người Croat là Blaž Kraljević, ông này đứng đầu nhóm vũ trang Lực lượng Phòng vệ Croatia (HOS), vốn có cương lĩnh thân Croatia nhưng không giống HVO nó được sự ủng hộ đông đảo từ người Bosniak.

Tháng 6, 1992 mọi sự chú ý chuyển sang Novi Travnik và Gornji Vakuf nơi mà Hội đồng Phòng vệ Croat (HVO) nỗ lực chiếm lấy nhưng bị chống trả quyết liệt.

Ngày 18 tháng 6 năm 1992 lực lượng Phòng vệ Lãnh thổ Bosnia ở Novi Travnik nhận được một tối hậu thư từ HVO bao gồm cả những yêu cầu bãi bỏ thể chế nhà nước Bosna và Hercegovina, thiết lập chính quyền Cộng đồng Croatia của Herzeg-Bosnia và đảm bảo liên minh với nhà nước này, đặt Lực lượng Lãnh thổ dưới quyền HVO và trục xuất những người tị nạn Hồi giáo, tất cả phải diễn ra trong vòng 24 giờ. Cuộc tấn công được tiến hành vào ngày 19 tháng 6. Trường tiểu học và Bưu điện bị tấn công và hư hại.[50] Ban đầu Gornji Vakuf bị tấn công bởi người Croat 20 tháng 6 năm 1992, nhưng cuộc tấn công thất bại. (Xem: Diệt trừ sắc tộc ở Thung lũng Lašvaethnic)Đa số các lực lượng Bosnia không được trang bị, chiến đấu trên hai mặt trận, đã đẩy lui người Croat và giữ được lãnh thổ trên mỗi mặt trận. Vào thời điểm đó vì vị trí địa lý của nước này, Bosnia được bao quang bởi các lực lượng Croat và Serb đến từ tất cả các hướng. Không có con đường nào để họ nhập khẩu vũ khí hoặc thực phẩm. Những thứ đã cứu Bosnia vào lúc đó là phức hợp Công nghiệp rộng lớn (Công nghiệp Thép và công nghiệp nặng) được chuyển đổi sang sản xuất vật tư quân sự.

Tháng 8, 1992, lãnh đạo HOS Blaž Kraljević bị giết chết bởi hai lính HVO, nhằm làm suy yếu trầm trọng các nhóm ôn hoà muốn duy trì liên minh giữa người alliance between Bosniak và Croats.[51]

Tình hình trở nên nghiêm trọng vào tháng 10 năm 1992 khi các lực lượng Croat tấn công dân thường Bosniak ở Prozor thiêu huỷ nhà của họ và giết chết dân thường. Theo bản cáo trạng Jadranko Prlić, lực lượng HVO đã xoá sổ phần lớn người Hồi giáo đến từ thị trấn Prozor và vài ngôi làng xung quanh.[21]

Tháng 10, 1992 người Serb chiếm thị trấn Jajce và trục xuất dân cư người Croat và Bosniak. Việc để mất thị trấn này chủ yếu là do thiếu sự hợp tác giữa hai sắc tộc Bosniak-Croat đặc biệt trong vòng bốn tháng trước sự kiện.

1993

Ngày 8 tháng 1 năm 1993 người Serb giết chế thủ tướng được uỷ quyền của Bosnia là Hakija Turajlić sau khi ngăn đoàn hộ tống Liên Hiệp quốc đưa ông này đi từ sân bay. Ngày 15–16 tháng 5, 96 phần trăm người Serb bỏ phiếu bác bỏ kế hoạc Vance-Owen. Sau sự thất bại của kế hoạch hoà bịnh Wance-Owen, vốn dự định chia đất nước thành ba vùng sắc tộc riêng biệt, một cuộc xung đột đã nổ ra giữa người Bosniak và Croat về 30 phần trăm lãnh thổ Bosnia mà họ nắm giữ. Kế hoạch hoà bình trên là một trong những yếu tố dẫn đến sự leo thang xung đột, khi Lord Owen tránh tiếp xúc với chính quyền ôn hoà Croat (ủng hộ thống nhất Bosnia) và đám phán trực tiếp với những thành phần cực đoan (chủ trương ly khai).[52]

Phần lớn thời gian năm 1993 được bao trùm bởi chiến tranh Croat-Bosniak. Tháng 1, 1993 lực lượng Croat tấn công Gornji Vakuf, để nối Herzegovina với Trung tâm Bosnia.[21]

Tháng 4, 1993, Hội đồng Bảo an Liên hiệp quốc ra Nghị quyết 816, kêu gọi các quốc gia thành viên lập vùng cấm bay trên bầu trời Bosnia-Herzegovina. Ngày 12 tháng 4 năm 1993, NATO bắt đầu Chiến dịch Deny Flight nhằm lập vùng cấm bay này.

Pháo kích Gornji Vakuf

Gornji Vakuf là một thị trấn nằm ở phía nam Thung lũng Lašva và trên một giao lộ có tầm quan trọng chiến lược dẫn đến trung tâm Bosnia. Nơi này cách Novi Travnik 48 kilomet và khoảng một giờ lái xe từ Vitez bằng phương tiện bọc thép. Đối với người Croat nơi này rất quan trọng vì nó nối giữa Thung lũng Lašva và Herzegovina, hai lãnh thổ bao gồm các khu vực tự phong của Cộng đồng Croatia ở Herzeg-Bosnia. Các lực lượng Croat đã pháo kích khiến cho phần lớn trung tâm lịch sử phương đông của thị trấn Gornji Vakuf trở thành đống gạch vụn.[50]

Ngày 10 tháng 1 năm 1993, ngay trước khi xảy ra sự đối đầu tại Gornji Vakuf, chỉ huy Hội đồng Phòng vệ Croat (HVO) là Luka Šekerija, đã gửi một bức thư quân sự tối mật đến Đại tá Tihomir Blaškić và Dario Kordić, (người này sau bị ICTY cáo buộc phạm tội ác chiến tranh và tội ác chống lại loài người như diệt trừ sắc tộc) bằng các loạt đạn pháo bắn từ súng cối có sẵn tại nhà máy đạn dược ở Vitez.[50] Đụng độ sau đó nổ ra ở Gornji Vakuf ngày 11 tháng 1 năm 1993, khơi mào bằng một trái bom do Croat đặt trong một khách sạn của người Bosniak được sử dụng làm bộ chỉ huy. Sự đối đầu toàn diện theo sau sự kiện này và đã xảy ra trận pháo kích dữ dội xuống thị trấn vào ban đêm do từ pháo binh Croat.[50]

Trong suốc các cuộc đàm phán ngừng bắn tại Britbat HQ ở Gornji Vakuf, Đại tá Andrić, đại diện cho HVO, đã yêu cầu lực lượng Bosnia hạ vũ khí và chấp nhận việc HVO kiểm soát thị trấn và đe doạ rằng nếu họ không đồng ý, ông ấy sẽ san bằng Gornji Vakuf.[50][53] Các yêu cầu của HVO không được đáp ứng của Quân đội Bosnia và cuộc tấn công tiếp diễn, kèm theo các cuộc thảm sát dân thường Hồi giáo Bosnia ở các thị trấn lân cận như Bistrica, Uzričje, Duša, Ždrimci và Hrasnica.[54][55] Trong sự kiện Diệt trừ sắc tộc Thung lũng Lašva, nơi này bị dội pháo hạng nặng và bị tấn công bởi các vũ khí khác như xe tăng và bắn tỉa từ Quân đội Croatia và Hội đồng Tự vệ Croatia. Mặc dù người Croat hay trích dẫn một lý do chủ yếu cho cuộc tấn công Gornji Vakuf là các chiến binh hồi giáo, nhưng chỉ huy của Trung đoàn British Britbat nói rằng các binh lính của ông đã không thấy bất cứ chiến binh thần thánh Hồi giáo nào ở Gornji Vakuf (thường được biết đến với cái tên Mujahideen). Các chiến dịch pháo kích và tấn công trong suốt chiến tranh đã làm hàng trăm người bị thương và chết, phần lớn là dân thường Hồi giáo Bosnia.[50]

Diệt trừ sắc tộc ở Thung lũng Lašva

Chiến dịch diệt trừ sắc tộc Thung lũng Lašva chống lại thường dân Bosniak được lên kế hoạch bởi các lãnh đạo chính trị và quân sự của Cộng đồng Croatia của Herzeg-Bosnia từ tháng 5 năm 1992 đến tháng 3 năm 1993 và xảy ra vào tháng 4 sau đó, điều này có nghĩa là các mục tiêu của những người quốc gia Croat đã được trù tính vào tháng 11 năm 1991.[20] Thung lũng Lašva của người Bosniak đã bị khủng bố vì lý do chính trị, chủng tộc và tôn giáo,[56] bị phân biệt đối xử có chủ đích trong bối cảnh các cuộc tấn công trên diện rộng vào dân thường trong khu vực[57] và chịu những tội ác giết người hàng loạt, cưỡng bức, giam giữ trong các trại, cũng như sự phá huỷ các địa điểm văn hoá và tài sản cá nhân. Những việc làm này theo sau những luận điệu tuyên truyền chống người Bosniak, đặc biệt tại các đô thị Vitez, Busovača, Novi Travnik và Kiseljak. Thảm sát Ahmići vào tháng 4 năm 1993, là đỉnh điểm của chiến dịch diệt trừ sắc tộc tại Thung lũng Lašva, dẫn đến việc giết hại hàng loạt thường dân Hồi giáo Bosnia chỉ trong vài giờ. Nạn nhân trẻ nhất là một em bé ba tháng tuổi đã bị bắn vào xương sườn và già nhất là một phụ nữ 81 tuổi. Đây là vụ thảm sát lớn nhất được thực hiện trong cuộc xung đột giữa người Croat và chính phủ Bosnia (chiếm đa số bởi người Bosniak).

Toà án Tội ác Quốc tế ở Nam Tư cũ (ICTY) đã phán quyết những tội ác thuộc về tội ác chống lại loài người trong vô số các phán quyết đối với các binh lính và lãnh đạo quân sự và chính trị người Croat, nổi bật nhất là Dario Kordić.[50] Dựa trên chứng cứ về vô số các cuộc tấn công của HVO vào thời điểm đó, Ban Tòa án ICTY đã kết luận trong vụ Kordić và Čerkez vào tháng 4 năm 1993 ban lãnh đạo Croat đã có một kế hoạch được thiết kế sẵn nhằm xóa sổ sắc tộc Bosniak khỏi thung lũng Lašva. Dario Kordić khi còn là lãnh đạo địa phương tại thời điểm xảy ra vụ việc, đã được chứng minh là người lên hoạch định và thúc đẩy kế hoạch này.[50] Theo Trung tâm Nghiên cứu và Lưu giữ tài liệu đặt tại Sarajevo (IDC), khoảng 2.000 người Bosniak từ thung lũng Lašva đang mất tích hoặc đã bị giết trong khoảng thời gian này.[58]

Chiến tranh ở Hezegovina

Cộng đồng Croatia ở Herzeg-Bosnia cũng đã nắm quyền kiểm soát nhiều cơ quan và chính phủ tự quản ở Herzegovina, loại bỏ hoặc gạt sang bên các lãnh đạo Bosniak địa phương. Herzeg-Bosnia còn kiểm soát cả truyền thông nhằm phổ biến việc tuyên truyền và lý tưởng của người Croatia. Các biểu tượng và tiền tệ Croatia được giới thiệu, và chương trình giảng dạy ngôn ngữ Croatia được giới thiệu trong trường học. Nhiều người Bosniak và Serb bị loại bổ khỏi các vị trí trong chính phủ và công ty tư nhân; sự trợ giúp nhân đạo đối với họ bị coi là thứ yếu; và người Bosniak nói chung bị quấy rối ngày càng tăng. Nhiều người trong số họ bị trục xuất đến các trại tập trung: Heliodrom, Dretelj, Gabela, Vojno và Šunje

Cho đến năm 1993 Hội đồng Phòng vệ Croatia (HVO) và Quân đội Cộng hoà Bosna và Hercegovina (ARBiH) đã chiến đấu trên cùng một chiến tuyến chống lại lực lượng chiếm ưu thế hơn là Quân đội Republika Srpska (VRS) trong một số khu vực của Bosna và Hercegovina. Ngay cả khi các cuộc chạm trán vũ trang và sự kiện như bắt cóc Totic làm căng thẳng mối quan hệ giữa HVO và ARBiH, liên minh Croat-Bosniak vẫn trụ vững ở Bihać (tây bắc Bosnia) và Bosanska Posavina (bắc), nơi cả hai đều bị áp đảo bởi lực lượng Serb.

Theo phán quyến của ICTY trong vụ Naletilić-Martinović lực lượng Croat đã tấn công các ngôi làng thuộc Sovici và Doljani, khoảng 50 kilomet về phía bắc Mostar vào buổi sáng ngày 17 tháng 4 năm 1993. Cuộc tấn công là một phần của cuộc phản công lớn hơn của lực lượng HVO nhằm lấy lại Jablanica, thị trấn chính của người Hồi giáo Bosnia ở trong vùng. Các chỉ huy HVO đã ước tính rằng họ cần hai ngày để chiếm lấy Jablanica. Vị trí của Sovici mang ý nghĩa chiến lược quan trọng đối với HVO khi nơi này nằm trên con đường dẫn tới Jablanica. Đối với Quân đội Bosnia, đây là cửa ngõ dẫn tới cao nguyên Risovac, mà từ đây có thể lập thành bàn đạp tiến xa hơn về phía bờ biển Adriatic. Cuộc phản công của HVO vào Jablanica đã bắt đầu ngày 15 tháng 4 năm 1993. Pháo binh đã phá huy phần trên của Sovici. Quân đội Bosnia bị đánh từ phía sau, nhưng vào khoảng 5 giời chiều chỉ huy Quân đội Bosnia ở Sovici đã đầu hàng. Có khoảng từ 70 đến 75 lính đầu hàng. Tổng cộng, ít nhất 400 dân thường Hồi giáo Bosnia bị giam giữ. Cuộc hành quân của HVO về phía Jablanica dừng lại sau khi một hiệp định ngừng bắn được thương thảo.[19]

Bao vây Mostar

Phần phía đông của Mostar bị phong toả bởi lực lượng Croat trong 9 tháng, và phần lớn các thành phố lịch sử của nó đã bị hư hại trong các cuộc pháo kích bao gồm cả cây cầu Stari Most nổi tiếng.[21]

Mostar được tách ra làm một khu vực phía tây, vốn nằm trong tay lực lượng Croat và phần phía đông nơi Quân đội Cộng hoà Bosna và Hercegovina tập trung chủ yếu. Tuy nhiên, Quân đội Bosnia có tổng hành dinh nằm ở Tây Mostar ở tầng hầm của một phức hợp toà nhà được biết đến với cái tên Varanica. Vào những giờ phút mở đầu ngày 9 tháng 5 năm 1993, Hội đồng Tự vệ Croatia đã tấn công Mostar bằng pháo, lựu pháo, vũ khí hạng nặng và vũ khí hạng nhẹ. HVO kiểm soát tất cả các con đường dẫn tới Mostar và các tổ chức quốc tế bị từ chối tiếp cận nơi này. Đài phát thanh Mostar ra thông báo rằng tất cả người Bosniak nên treo cờ trắng từ cửa sổ nhà của họ. Cuộc tấn công này của HVO đã được chuẩn bị và lên kế hoạc kỹ lưỡng.[19]

Người Croat sau đó chiếm lấy phần tây của thành phố và trục xuất hàng ngàn người[21] Bosniak đến phần đông của thành phố. Các cuộc pháo kích của HVO đã biến phần lớn khu đông thành phố Mostar thành đống gạch vụn. JNA (Quân đội Nam Tư) đã phá huỷ các cây cầu Carinski, Titov và Lucki bắc quan sông trừ cầu Stari Most. Lực lượng HVO (và một số sư đoàn nhỏ hơn của nó) đã tham gia vào một cuộc xử tử hàng loạt, diệt trừ sắc tộc và cưỡng hiếp người Bosniak ở khu tây Mostar và khu vực phụ cân trong một chiến dịch bao vây và pháo kích dữ dội lên chính phủ Bosnia đang kiểm soát đông Mostar. Chiến dịch của HVO khiến cho hành ngày người bị thương và giết chết.[21]

Quân đội Bosnia mở một chiến dịch được biết đến với cái tên Neretva 93 chống lại Hội đồng Tự vệ Croatia và Quân đội Croatia vào tháng 9 năm 1993 nhằm kết thúc cuộc bao vây Mostar, và chiếm lại các khu vực của Herzegovina bao gồm cả những phần thuộc về chính phủ tự phong Cộng hoà Croatia ở Herzeg-Bosnia. Chiến dịch bị ngừng lại bởi nhà chức trách Bosnia sau khi nhận được tin về các cuộc thảm sát chống lại thường dân và tù nhân Croat tại ngôi làng Grabovica và Uzdol.

Lãnh đạo Croat (Jadranko Prlić, Bruno Stojić, Slobodan Praljak, Milivoj Petković, Valentin Ćorić và Berislav Pušić) hiện tại đang bị xét xử tại ICTY về các tội danh bao gồm tội ác chống lại loài người, vị phạm trắng trợn công ước Geneva và vi phạm luật và nghĩa vụ chiến tranh.[21] Dario Kordić, lãnh đạo chính trị của người Croat ở Trung tâm Bosnia đã bị cáo buộc tội ác chống lại loài người ở Trung tâm Bosnia như diệt trừ sắc tộc và bị kết án 25 năm tù giam.[50] Chỉ huy Bosnia Sefer Halilović bị cáo buộc với việc vi phạm luật lệ và nghĩa vụ chiến tranh với trách nhiệm của chỉ huy về các sự việc xảy ra trong chiến dịch Neretva '93, tuy nhiên ông không bị kết tội.

Trong một nỗ lực bảo vệ dân thường, vai trò của UNPROFOR được mở rộng vào tháng 5 năm 1993 nhằm bảo vệ "nơi trú ẩn an toàn" mà Hội đồng Bảo an Liên Hiệp Quốc đã tuyên bố nằm quanh Sarajevo, Goražde, Srebrenica, Tuzla, Žepa và Bihać theo nghị quyết số 824[59].

1994

Lính Liên Hiệp Quốc đi trên con đường trong "Thung lũng Bắn tỉa" ở Sarajevo

Năm 1994, NATO bắt đầu can dự sâu vào chiến tranh, khi máy bay phản lực của họ bắn rơi bốn máy bay Serb trên bầu trời trung tâm Bosnia ngày 28 tháng 2 năm 1994 nhằm thực thi vùng cấm bay của Liên Hiệp Quốc.[60]

Ngày 5 tháng 2 năm 1994 Sarajevo đã hứng chịu cuộc tấn công đẫm máu nhất tại nơi này trong chiến tranh trong lúc bị bao vây và thảm sát, khi một quả pháo 120 millimet bắn trúng một trung tâm mua sắm đông đúc, giết chết 68 người và làm bị thương 144 người khác.

Thỏa thuận Washington

Chiến tranh Croat-Bosniak chính thức kết thúc vào ngày 23 tháng 2 năm 1994 khi chỉ huy HVO, tướng Ante Roso và chỉ huy Quân đội Bosnia, tướng Rasim Delić, ký một hiệp ước ngừng bắn ở Zagreb. Tháng 3, 1994 một thỏa thuận hoà bình— Thỏa thuận Washington— do Hoa Kỳ làm trung gian giữa người Croat (đại diện là Cộng hoà Croatia) và Cộng hoà Bosna và Hercegovina đã ký kết thỏa thuận ở Washington và Vienna. Thỏa thuận Washington đã chia lãnh thổ do người Croat và chính phủ Bosnia nắm giữ thành các Tổng tự quản, thành lập Liên bang Bosna và Hercegovina. Điều này đã giúp kết thúc chiến tranh giữa người Croat và Bosniak, và giảm thiệt hại cho đôi bên một cách hiệu quả.

1995

Theo thứ tự ngồi từ trái sang phải: Slobodan Milošević, Alija Izetbegović, Franjo Tuđman đang ký kết hiệp ước hoà bình ở Paris ngày 14 tháng 12 năm 1995.

Chiến tranh tiếp tục diễn ra suốt năm 1995.

Tháng 7, 1995, các binh lính Serb do tướng Ratko Mladić, đã chiếm lấy "khu vực an toàn" của Liên Hiệp Quốc ở Srebrenica, đông Bosnia nơi mà sau đó 8.000 người đàn ông bị giết chết (phần lớn phụ nữ bị trục xuất sang các lãnh thổ do người Bosniak nắm giữ và một số họ bị cưỡng hiếp và giết chết).[61] ICTY đã phán quyết sự kiện này là một vụ diệt chủng trong vụ Khởi tố chống lại Krstić.

Nằm trong hiệp ước Croat-Bosniak, lực lượng Croatia tăng cường hoạt động tại tây Bosnia (Chiến dịch Summer '95) và vào đầu tháng 8 đã phát động Chiến dịch Storm, chiếm lấy Serb Krajina ở Croatia. Cùng với đó, liên minh Bosniak-Croat đạt được thế chủ động trong chiến tranh, lấy lại phần lớn tây Bosnia từ người Serb trong vài chiến dịch, bao gồom: Mistral và Sana. Những lực lượng này sau đó đã đe doạ thủ đô của người Serb Bosnia Banja Luka bằng các cuộc tấn công trực tiếp trên bộ.

Lực lượng Serb đã thực hiện vài cuộc thảm sát trong năm 1995: thảm sát Tuzla (25 tháng 5), thảm sát Srebrenica và thảm sát Markale lần hai.

Sau sự kiện thảm sát Markale lần hai, NATO đáp lại bằng mở các cuộc không kích rộng khắp chống lại cơ sở hạ tầng và các đơn vị của người Serb Bosnia vào tháng 9.

Vào thời điểm này, cộng đồng quốc tế đang gia tăng áp lực lên Milošević, Tuđman và Izetbegović trên bàn đàm phám và cuối cùng chiến tranh kết thúc với Hoà ước Dayton được ký kết vào ngày 21 tháng 11 năm 1995. Phiên bản cuối của hoà ước này được ký kết vào 14 tháng 12 năm 1995 ở Paris.